Cette expression date du 14e siècle et signifie qu’on tient particulièrement à quelqu’un ou à quelque chose.
L’organe de l’oeil a une grande valeur, c’est l’organe qui permet de voir et dont il faut prendre soin.
La pupille est apparentée, par analogie dès le 12e siècle, à la prunelle. La prunelle est le fruit du prunier sauvage, ce sont de petites baies pourpres. Ce terme a une valeur affective.
Cette expression signifie donc qu’on tient énormément à quelqu’un ou à quelque chose, que cette personne ou cet objet sont précieux.