Cette expression date de la première moitié du 15e siècle. Elle signifie qu’on lance une remarque, une critique contre une personne.
Ici le jardin est une allégorie au caractère, à la personnalité d’une personne (on retrouve cette allégorie dans l’expression jardin secret). Y jeter la pierre signifie que l’on dérange l’agencement de ce jardin et qu’on cherche donc à déstabiliser la personne. Au 16e siècle, apparaitra l’expression plus courte de “jeter la pierre” synonyme de “critiquer”.