Cette formule est utilisée pour justifier d’une punition violente infligée à tous où l’on ne fait pas la différence entre les bons et les mauvais laissant à Dieu le pouvoir de juger ceux qui pourront entrer au Paradis et les autres.
Alors que cette expression n’a été popularisée qu’au 17e siècle, elle prend toutefois racine à l’occasion d’un événement tragique ayant eu lieu au 13e siècle. Le 22 juillet 1209, les habitants de la ville de Béziers sont massacrés par les croisés lors de la Croisade des Albigeois.
À cette époque, une nouvelle religion s’est développée en Pays d’Oc: la religion cathare. Le clergé catholique considère que ses fidèles sont des hérétiques. La prédication pour lutter contre les cathares ayant échoué, le légat du pape Innocent III, Arnaud Amaury, abbé de Cîteaux, décide de lancer une croisade contre ces hérétiques en 1208. Forte de 20 000 hommes, la croisade arrive à Béziers où son seigneur Raimond-Roger Trencavel puis son évêque, Renaud de Montpeyroux, tentent de négocier avec le légat qui exige que les catholiques quittent la ville. Ces derniers décident d’y rester, se sentant suffisamment en sécurité. Les ribauds (miliciens armés dépendant de la croisade) décident d’attaquer la ville et la mettent à sac tuant de nombreux Bitterois, indifféremment cathares et catholiques. Ce massacre resta dans les esprits sous le nom de “La Grande Boucherie”.
La légende dit qu’Arnaud Amaury aurait prononcé la phrase suivante : “Caedute eos, novit enim Dominus qui sunt eios” traduite sous la forme “Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens” mais cette citation est sujette à caution.